お店独自のポイントカードと仮想通貨は、いくつかの重要な違いがあります。以下にそれらの違いを示します。

発行元と利用範囲

ポイントカード: お店独自のポイントカードは、特定の店舗やチェーンでの利用に限定されます。それぞれのポイントカードは、発行元の店舗や団体が提供する特典や割引を利用するために使用されます。例えばイーラーニング研究所で発行されたポイントカードはイーラーニング研究所の買い物でしか使えない具合です。（※イーラーニング研究所はポイントカードを発行していません）
仮想通貨: 仮想通貨は、特定の店舗や企業に限定されず、通常のデジタル通貨と同様に広範な取引に使用できます。仮想通貨は国際的に認識されており、そのまま法定通貨に換金したり、異なるサービスや製品を購入するために使用できます。

価値の表現

ポイントカード: ポイントカードのポイントは通常、特定の通貨単位ではなく、特典や割引に変換されるため、価値の表現が不透明です。通常は「ポイント」が単位名と考えていいでしょう。中には例外もあるかもしれません。またポイントの貯まる率もカードの種類や店舗ごとに異なります。200円購入ごとに1ポイントといった具合です。そして1ポイントは1円相当として使えることが多いです。
仮想通貨: 仮想通貨は通常、暗号化された数字で表現され、価値は市場価格に従って変動します。1つの仮想通貨ユニット（例：1ビットコイン）は、市場の需要と供給に応じて変動します。あまりにも変動しますので仮想通貨は買い物に不向きと言われるほどです。購入する方がじゃなくて売る方がです。値札をそのたびに変えるのは非常に面倒で非現実的です。

取引の透明性

ポイントカード: ポイントカードのポイントは、通常、利用者には透明ではなく、どれだけの価値が蓄積しているかが明確にわかりにくい場合があります。誰もそのポイントの全国民併せた総数を知りません。自分の分だけなら調べる方法はいくらでもありますが、全員となると不可能です。あと個人に関してでもですが、カードに書いてあればいいのですが、大抵は最後に使ったレシートを目視確認したり、専用サイトにアクセスしないといけません。はっきり言って面倒です。
仮想通貨: 仮想通貨の取引はブロックチェーン技術によって透明でトレーサビリティがあり、ブロックチェーン上での取引履歴が公開されます。これにより、価値の移動や蓄積が透明になります。全国民併せた総数を知ることも可能です。

通用性

ポイントカード: ポイントカードは通常、発行元の特定の店舗や団体でのみ利用可能で、他の場所で使用できないことが多いです。イーラーニング研究所でnanacoやwaonは使えません。八王子の地域通貨「桑都ペイ」も当然使えません。
仮想通貨: 仮想通貨は一般的に取引所やウェブサイトを通じて購入および売却が可能で、多くの場所で使用できます。ただしその汎用性は法定通貨には遠く及びません。まだnanacoやwaonの方が使えるところが多いです。桑都ペイはダメです。本当にダメです。

要するに、ポイントカードは特定の店舗やチェーンにおけるリワードプログラムでの利用に適しており、特典や割引を提供することが一般的です。一方、仮想通貨はデジタル通貨として広範な用途に使用でき、価値が市場価格に基づいて変動します。どちらを選ぶかは、目的や使い道によります。イーラーニング研究所はどちらも使わず、普通に法定通貨に頼っています。どこの店舗もそうしているでしょう。